서울대학교 학부 및 대학원 사학과에서 한국사를 전공하고, 경북대학교 교양학부 및 사학과를 거쳐 1977년에 서울대학교 국사학과에 부임하여 2009년까지 재임하였다. 조선시대의 사회사, 정치사를 연구하다가 1992년부터 근대 한일관계사, 특히 일본의 ‘한국병합’ 강제의 불법성에 관한 연구에 종사하였다. 진단학회 회장, 역사학회 회장, 학술단체연합회 회장, 한일역사가회의 한국 측 운영위원장, 국사편찬위원장 등을 역임하였으며, 2007년에 대한민국학술원 회원으로 선출되었다. 1868년 병인양요 때 프랑스로 유출된 외규장각 의궤 도서 반환 운동을 주도하여 2011년 귀환에 성공, 홍조근정훈장을 받았다. 근대사와 한일관계에 관한 저서로 『고종시대의 재조명』, 『동경대생들에게 들려준 한국사』, 『일본의 한국병합 강제 연구: 조약 강제와 저항의 역사』, 『끝나지 않은 역사: 식민지배 청산을 위한 역사인식』 등이 있다. 2022년 『일본제국의 ‘동양사’ 개발과 천황제 파시즘』, 『일본제국의 대외침략과 ‘동방학’ 변천』을 저술하여 한국 근현대사를 보는 시야를 넓혔다. 2024년 안중근에 관한 글을 모아 『지식인 안중근: 투철한 국민 의식, 치열한 평화사상』을 펴냈다.