1972년 서울에서 태어나 창원에서 자랐다. 어린 시절 아버지가 사다주시는 <소년중앙>의 별책부록 만화를 따라 그리며 놀았다. 고등학생 시절 헤비메탈에 빠져 밴드 활동에 전념하느라 성적이 곤두박질쳤다. 3수 끝에 대학입시에 실패하고 군입대 전 5개월간 만화학원에 다녔다. 1995년 제대 후, <영챔프> 신인만화공모전에 당선됐다. 당시 창간한 지 얼마 되지 않았던 <씨네21>에 정훈이 만화 연재를 시작해 2020년까지 25년간 연재를 지속했다. 2002년~2021년까지 주간신문 <청년의사>에 '쇼피알'을 연재했다. 호기심이 왕성하고 상상하는 것을 즐기며 역사와 컴퓨터를 좋아해 역사 만화를 그리고, 컴퓨터 애니메이션과에서 강의를 하기도 하고 애니메이션 회사를 운영하기도 했다. 지은 책으로 ‘정훈이 만화’를 엮은 단행본 『두 바닥 시네마』(한겨레출판), 『트러블 삼국지』(전 4권, 대원씨아이) , 『정훈이의 뒹굴뒹굴 안방극장』 『정훈이의 내 멋대로 시네마』(이끼북스), 『표현의 기술』(유시민 공저, 생각의길), 『야매공화국 10년사(事) -정훈이의 국정 농담』(생각의길), 『읽고 나면 입이 근질근질해지는 한국사』(생각의길), ‘쇼피알’을 엮은 책 『청년의사 남기남의 슬기로운 병원생활』(전 2권, 청년의사) 등이 있다. 2021년 한국영상자료원 한국영화박물관에서 〈정훈이 만화, 영화와 뒹굴뒹굴 25년〉 기획전시를 열었다. 2022년 11월 5일, 급성 백혈병으로 별세했다. 향년 50세.