매사추세츠 주 콩코드에서 태어났다. 하버드 대학을 졸업하고 고향으로 돌아와 교사가 되었는데, 학교가 체벌을 강요하자 이를 거부하고 3주 만에 사직했다. 아버지의 연필공장에서 일을 돕다가, 가장 친한 친구인 친형 존과 함께 사립학교를 열어 2년 반 동안 열심히 운영했는데, 존이 파상풍에 걸려서 죽자 학교를 닫고 이곳저곳을 떠돈다. 친분이 있던 초월주의 사상가 랄프 왈도 에머슨(Ralph Waldo Emerson)의 집에서 입주 가정교사 생활을 하고, 초월주의자들의 잡지 <다이얼>에 글을 기고하며 작가의 꿈을 키운다. 그러다가 형과의 추억도 정리하고 자신이 구상하는 ‘삶의 실험’도 하며 글을 쓰려고, 1845년 3월부터 월든 호숫가에 오두막집을 짓기 시작했고, 같은 해 7월 4일부터 1847년 9월 6일까지 그곳에서 홀로 지냈다. 그러는 동안에 ‘노예제’와 ‘멕시코 전쟁’에 찬성하는 미국 정부에 반대한다며 세금을 체납했다가 체포되는 일도 겪는다. 1849년 형과의 캠핑을 추억하며 쓴 《콩코드 강과 메리맥 강에서의 일주일》을 출간했는데, 초판 1천 부 중 300부도 채 안 팔려서 악성재고로 남자 후속권의 출간이 기약없이 미뤄졌다. 이에 소로는 원고를 계속 다듬었고, 결국 초고 완성 8년만인 1854년 《월든 : 숲속의 생활》이라는 제목으로 출간했다. 1859년에는 노예제도 폐지 운동가 존 브라운을 위해 의회에 탄원서를 제출하는 등 노예제 폐지 운동에 헌신하며 활발한 강연과 저술 활동을 펼쳤다. 그는 집필과 강연, 사회 참여를 이어 가던 중 폐결핵 진단을 받고 1861년 11월 3일 한평생 써 온 《일기》를 마지막으로 기록한 뒤 1862년 고향 콩코드에서 세상을 떠났다. 사후에 《소풍》(1863), 《메인 숲》(1864) 등이 출간되었다.