1870년 독일 베를린에서 태어났다. 마르부르크 대학에서 지리학 박사학위를 받고 쾰른 신문사에 입사, 1898년 첫 발령지 워싱턴을 시작으로 사모아, 모로코, 중국 등 당시 유럽 열강의 관심을 집중시켰던 분쟁지역을 주 무대로 취재활동을 했다. 워싱턴에서 사모아를 거쳐 1900년 가을, 중국에 파견된 겐테는 북청사변의 현장을 취재했고, 1901년 6월 조선으로 들어왔다. 그의 조선 여행기는 1901년 10월부터 1902년 11월까지 「쾰른 신문」에 연재되었다. 조선 여행을 마치고 위험한 분쟁지역인 모로코에 특파되었다가 실종되었다. 1903년 「쾰른 신문」에는 '지그프리트 겐테 박사, 3월 8일 평소 다니던 산책길에서 돌아오지 않다'라는 기사가 실렸고, 1년 후인 1904년 3월 8일, 그는 실종 장소에서 멀지 않은 페스 강변에서 시체로 발견되었다. 그 후 마르부르크 대학 시절의 절친한 친구이자 「쾰른 신문」 동료 기자였던 게오르크 베게너에 의해 겐테의 여행기와 저서가 출간되었다.