키예프에서 태어났다. 소설가 겸 희곡작가로 활동하며 만 48년의 생애 중 20년을 창작 활동에 할애한 인물이다. 완벽주의자적 성향으로 자기 자신에게 매우 엄격하고 냉정했던 작가로도 알려져 있다. 의과 대학에 진학해 우수한 성적으로 졸업한 후 1차세계대전 당시 의무병으로 복무했다. 고향 키예프에서 짧은 기간 동안 의사 생활을 하다 1921년 모스크바로 이주하여 본격적으로 글을 쓰기 시작했다. 1921년 「치치코프의 모험(Похождения Чичикова)」을 시작으로 「소맷동에 쓴 수기(Записки на манжетах)」(1923), 「디아볼리아다(Дьяволиада)」(1923) 등을 잇달아 발표해 유명해졌다. 불가코프의 대표작인 장편소설 「백위군(Белая гвардия)」(1922-1924)도 이 시기에 발표되었다. 불가코프는 의사로서의 경험을 십분 살려 단편 모음집 『젊은 의사의 수기(Записки юного врача)』(1925-1926)를 발표했다. 의학적 소재는 비슷한 시기에 쓰여 불가코프의 사후에 출판된 『개의 심장(Собачье сердце)』(1987)에도 반영되어 당대의 의료 현실을 둘러싼 환경을 날카로운 풍자로 풀어냈다. 1930년대에 들어 불가코프의 작품은 출판이 전면적으로 금지되었다. 불가코프의 많은 작품이 그의 사후에 출판된 이유이기도 하다. 작품 활동을 할 수 없게 된 불가코프는 생활고에 시달리다 소비에트 정권에 사정한 끝에 ‘모스크바 예술극장(МХАТ)’에서 간신히 일자리를 얻게 된다. 이후 ‘볼쇼이 극장(Большой театр)’으로 이직하여 번역가 겸 대본 작가로 근무하게 된다. 말년의 생계는 주로 번역으로 유지했다고 전해진다. 정권의 탄압과 업무 스트레스는 불가코프가 앓고 있던 고혈압의 악화로 이어졌다. 그럼에도 불구하고 창작 활동을 계속 이어 갔고 세상을 떠나기 3주 전까지 소설 「거장과 마르가리타(Мастер и Маргарита)」(1967) 작업에 매달렸다. 불가코프는 1940년 모스크바에서 생을 마감하여 노보데비치 국립묘지에 안장되었다.