1973년 게이오대학교 의학부를 수석 졸업하고 미국으로 유학을 떠나 석사, 박사 학위를 취득했다. 국립도쿄제2병원(현 국립병원 도쿄의료센터) 방사선의학센터를 거쳐 1983년, 임상 동기들 중에서 가장 빨리 게이오대학교 의학부 방사선과 전임강사가 되었다. 유방온존요법의 선구자로서 항암제의 독성과 유방 확대 수술의 위험성 등 암 치료에 대한 선구적인 의견을 일반인이 알기 쉽게 소개해왔다. 또 암 방사선 치료를 전공하며 환자 입장의 치료를 현실화하기 위해 의료 정보 공개를 적극적으로 권장했다. 이 같은 공을 인정받아 2012년 제60회 기쿠치간 상을 수상했지만, 기존 의학계에는 눈엣가시로 찍혀 전임강사에서 출셋길이 막혀버렸다. 2014년 게이오대학교 의학부 방사선과를 정년퇴직하고 곤도 마코토 암연구소 세컨드 오피니언 외래를 운영한 바 있다. 지은 책으로 밀리언셀러 『의사에게 살해당하지 않는 47가지 방법』을 비롯해, 『약에게 살해당하지 않는 47가지 방법』 『치매와 싸우지 마세요』 『암 치료가 당신을 죽인다』 『‘유사 암’으로 요절하는 사람 ‘진짜 암’이어도 장수하는 사람』 외 다수가 있다.